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肺癌ALK基因检测阴性:可能方法错了

浏览数量:3096     作者:康途健康海外医疗     发布时间: 2019-01-05      来源:印度孟加拉癌症靶向药

      晚期肿瘤治疗最主要的是用药,而如何更好地用药则需明确基因变异,目前我们对基因变异的诊断还没有做到绝对准确。今天通过目前ALK基因诊断几个技术来分析一下,现有主流诊断技术的灵敏度,通过这篇文章您可以了解到,即便是一纸报告说ALK是阴性的,但它可能并不是100%的准确。

      非小细胞肺腺癌中ALK基因突变的频率在2%-7%,对于ALK诊断的金标准是荧光原位免疫杂交(FISH),另外临床也常用免疫组化(IHC)来检测ALK的融合,还有一些医院会使用逆转录PCR来检测ALK的融合突变,最近比较热的还有二代基因测序(NGS)来检测ALK突变。

      今天这篇文章通过数据来比较这四种检测技术,与大家一起来看看各自的水平如何。

       首先来说两个概念,检测灵敏度和特异度。灵敏度是指将真正存在ALK融合突变的样本检测出来的能力,也就是判断为真阳性的比例。而特异度是指将ALK基因没有发生突变的样本检测出来的能力,即判断为真阴性的比例。一个完美的技术应该是灵敏度和特异度都为100%。

NGS,也就是二代测序技术:95个样本,检测出77个,灵敏度为81.1%。


RT-PCR:96个样本中检测出77个,检测灵敏度为80.2%。

有60个样本同时使用四种方法检测,其中55个样本的检测结果是一致的,包含43个ALK阳性的样本,12个ALK阴性的样本。

如果使用免疫组化IHC和原位免疫荧光杂交FISH两种技术检测的一致性结果作为标准,则RT-PCR和二代测序检测的灵敏度是70%和85%,检测的特异性是87.1%和79%。

如果将免疫组化IHC与RT-PCR或二代测序结合起来,其灵敏度没有提示,但是检测的特异性提升至了88.7%和83.9%。

读到这里,您可能会失望了,怎么没有看到100%这个数字?甚至是两种检测方法结合起来也不是100%,要知道这还是只有95个样本,那么一年几十万肺癌患者,多少会被漏检了,或者多少是被错误地判断为ALK阳性,花费很多但吃靶向药物无效呢?


基因检测


如上图,将不同的检测技术进行比较,几乎没有可以在灵敏度和特异度都达到100%的情况(免疫组化的2+和3+都归结为阳性)。为什么这些检测技术不能达到100%,都会有假阴性或者假阳性的结果呢?这篇论文中研究者做出了一定的分析。


基因检测1


如上图所示,RT-PCR和免疫组化、FISH检测的结果就是上面这样,但是要给一个样本判断是阳性还是阴性,是需要人为去计数和评估的。


免疫组化IHC:可能是失败的染色技术,或者穿刺的样本里癌细胞比例不够,另外使用的抗体和检测技术也会影响检测结果。


原位免疫荧光杂交FISH是ALK检测的金标准,但是从这个研究来看,它也不能给出100%的把握,这主要受限于病理技师的准确评估。因为这种检测需要在显微镜下计数荧光分离信号,比如计数多少个算是阳性等,也难免有出错。


逆转录PCR也就是RT-PCR的局限性只能检测已知的易位,如果一个易位不常见就漏检了。还有一个原因是有些样本不一样能提取出来RNA,不像是DNA,RNA很容易降解,而RNA质量影响了检测结果。


二代基因测序NGS。按说这个方法应该是绝对准确的吧,很遗憾,它也不能保证灵敏度和特异性是100%,部分原因可能是与建库,样本取材有一定关系。但二代测序检测出来的应该就是存在的(除去一些做假报告的公司以外),但是如果二代测序没有测出来,就说没有ALK突变,也不能那么绝对,尤其是使用血液样本检测的情况下,由于现在二代测序技术多数是捕获建库测序,还是有一定概率出现假阴性。

基因检测3


如上图所示,四种检测技术在这几十个样本中,存在一定的不一致情况,有的检测技术阳性结果,但是其他的技术就是阴性结果。

这也提醒我们不能将检测报告的结果完全地绝对化,如果按照检测报告用药不是很好,则需要考虑使用另外的技术再次做验证,即便是组织样本检测的结果,也不是100%地绝对化。在这里,检测的基因数目,价格甚至还不是完全重要的,关键是技术和数据分析要过关。